本发明提供了一种高通量荧光标记种子色选机及分选方法，包括：供料系统：包括负压吸附轮和种子限位装置；图像识别系统：包括实时图像处理设备、工业相机以及激发光源，激发光源照射负压吸附轮的指定区域，工业相机对准激发光源照射位置；分选系统：包括光纤传感器、分选喷阀以及喷嘴，喷嘴设置在负压吸附轮下方的一侧，分选喷阀控制喷嘴气流的大小；收集系统：位于负压吸附轮下方的另一侧；电控系统：包括控制主板。通过负压吸附轮带动种子转运，再通过工业相机初步确定荧光种子的大致位置，通过光纤传感器的信号产生的时刻确定荧光种子的准确位置，且工业相机的拍照位置是固定的，有助于减小图像处理计算量，且可靠性高，分选准确率高。