本发明公开了一种双重包埋激活脂肪酶的内花凝胶微球的制备技术。本发明首先利用表面活性剂激活脂肪酶，然后将无机盐晶体和海藻酸盐凝胶两种载体材料相结合，通过双包埋技术给脂肪酶穿上双层“铠甲”，制得一种包埋激活脂肪酶的白色内花凝胶微球。由于外层凝胶的网络结构牢固，具有较高的机械强度，在催化和回收过程中，可以有效保护微球内晶体和酶分子结构的完整性；晶体花被牢固地限制在凝胶网格孔隙中，同时晶体表面的Ca2+与凝胶表面残余的的‑COO‑产生交联作用，能够有效防止脂肪酶流失，充分保证了脂肪酶的催化活性和操作稳定性。本发明为提高脂肪酶的使用效率提供了新的固定化策略，尤其绿色、温和的制备条件，特别适用于食品医药的生产和加工领域。