本发明涉及一种高效创制银鲫新多倍体雌核生殖克隆系的方法，包括S1.创制可育双四倍体鲫：母本双三倍体银鲫与父本双二倍体红鲫繁殖获得子代G1，从G1中筛选可育双四倍体雄鱼；S2.创制新双三倍体群体：以可育双四倍体雄鱼为父本，与双二倍体红鲫雌鱼回交获得新双三倍体子代G2；S3.创制双三倍体雌核生殖克隆系：以新双三倍体G2中的雌鱼为母本，利用兴国红鲤精子刺激其进行天然雌核生殖，得到双三倍体子代G3，G3为新多倍体雌核生殖克隆系。本发明建立了一条高效创制大量银鲫新多倍体雌核生殖克隆系的育种路线，是银鲫新品种培育的高效途径，具有广阔的应用前景。