本发明涉及一种深基坑钢管混凝土柱结构及其施工方法，包括：立设于基坑底面且内部中空的钢管柱；浇筑形成于钢管柱内的混凝土结构；对应支撑梁的设置位置套设套设固定于钢管柱外的钢套筒；间隔地固设于钢套筒外壁的若干排第一栓钉，第一栓钉与支撑梁的钢筋固定连接，钢套筒和第一栓钉埋固于支撑梁内。通过设置钢管柱且内部浇筑混凝土形成整体的钢管混凝土结构，以增强钢管混凝土柱结构的受力性能和对支撑梁的支撑效果，在支撑梁的设置位置设置钢套筒和第一栓钉，将第一栓钉与支撑梁的钢筋固定连接，通过浇筑形成支撑梁，使第一栓钉和钢套筒埋固于支撑梁内并与支撑梁连为一体，从而增强钢管混凝土柱结构与支撑梁连接处的受力性能。