本发明公开了一种系统多孔多段耦合定向致裂坚硬岩层施工方法，步骤为：获得拟致裂区域岩石力学参数和原岩应力；获得保压孔保压阈值压力；设定钻孔间间距；在切眼顶板施工钻孔得到若干组水力致裂单元，水力致裂单元包括水力致裂孔和两个保压孔；将保压孔在预定层位封孔并注水保压；对水力压裂孔进行与保压孔同层位封孔压裂；压裂结束后，水力压裂孔和保压孔解除封孔并后退至下一个毗邻压裂层位继续保压压裂，重复此步骤直至本组水力致裂单元所有层位压裂结束；最后退出双路封隔器；对下组水力致裂单元压裂，直至完成所有孔的压裂工作；压裂完成后能够在坚硬岩体中产生大量竖向裂隙将各个水力致裂孔贯通，实现对顶板的定向致裂效果。