本发明提供了一种低四氢呋喃含量的聚丁二酸丁二醇酯的制备方法，a)将一定量的丁二酸酐、1,4‑丁二醇和酯化催化剂混合，在一定温度和压力下进行开环酯化反应；b)向a)步骤中得到的混合物中加入淬灭剂，在一定温度和压力下连续通入辅助气体，进行残余四氢呋喃的脱除；c)向b)步骤中得到的混合物中加入聚合催化剂，在一定温度和压力下进行预缩聚反应；d)向c)步骤中得到的混合物加入稳定剂，在一定温度和高真空度下进行后缩聚反应，得到聚丁二酸丁二醇酯。本发明所述的一种低四氢呋喃含量的聚丁二酸丁二醇酯的制备方法，物料消耗低、生产效率高，且获得的产品在关键性能指标上也有明显提升。