本发明涉及一种电子邮件处理传输方法、系统和存储介质，属于数据存储和通信传输领域。所述方法包括：发送终端生成第一对象；发送服务器端根据第一对象邮件消息头划分邮件正文，处理和存储邮件签名信息和引用信息，生成第二对象；存储并传输第二对象；接收服务器端根据第二对象消息头查询和同步引用内容和签名信息，存储第二对象；接收服务器端转换第二对象为第一对象给接收终端。所述系统包括：生成传输模块、拆分删改模块、查询同步模块、转换模块。本发明通过使用UUID来标识电子邮件，使用引用标记和签名标记辅助判断，可以快速去除邮件重复数据，提高邮箱空间利用率，还可以减小邮件传输数据量，达到传输和存储效率的同步提升。