本发明公开一种发酵法制备高稳定性氨基葡萄糖硫酸盐的工艺，其包括如下步骤：(i)在微生物发酵法制备的发酵液中加入硫酸进行水解，完成后在得到的水解液中加入碱液调节至中性，得到含有氨基葡萄糖硫酸盐的水解液。(ii)在所述水解液中加入脱色剂，并在加热条件下进行脱色，完成后分离出脱色剂，收集液相，即得脱色液。(iii)对所述脱色液进行浓缩，然后在得到的浓缩液中加入蔗糖脂肪酸酯和玉米油后搅拌形成乳液，然后将所述乳液进行喷雾干燥，即得表面包覆有疏水层的氨基葡萄糖硫酸盐粉体。本发明的工艺通过在氨基葡萄糖硫酸盐表面包覆一层疏水剂，可以有效降低氨基葡萄糖硫酸盐的吸湿能力，提高其稳定性。