本发明提供了一种低硫矿石生物堆浸的方法，包括：低硫矿石与还原硫混合后，接种嗜酸硫氧化微生物和嗜酸铁氧化微生物，通过堆浸实现目标金属的浸出。所述嗜酸硫氧化微生物为Aciditiobacillus caldus IPECAS，保藏编号为CCTCC M 20221351；所述嗜酸铁氧化微生物为Leptospirillum ferriphilum ACID1，保藏编号为CCTCC M 2013527和/或Leptospirillum ferrooxidans ACID2，保藏编号为CCTCC M 2013528。本发明加快目标金属的浸出效率，降低堆浸过程中外源硫酸和氧化剂的投入。