本发明提供了一种智能多维度显微图像采集与处理方法，其先通过载物台带动样品进行Z方向移动，以使光源光线在样品自身厚度方向不同位置聚焦，便于显微镜对样品内部进行厚度方向的初步拍摄甄别，以此沿样品厚度方向将样品内部划分为若干水平剖面，对每个水平剖面进行水平二维扫描拍摄，得到每个水平剖面的全域图像，以及将所有水平剖面的全域图像进行拼接，得到样品的空间三维显微图像，其通过对样品内部不同空间层面进行图像采集和拼接，实现对样品内部不同维度的显微成像，提高显微成像的图像采集全面性和多维性，为后续对目标对象诊断提供充足的图像数据。