本申请提出一种多喷嘴的燃料电池系统压力波动的控制方法、装置、电子设备和存储介质，基于燃料电池系统所需的多喷嘴喷出的实际气体需求量，确定满足实际气体需求量时对应初始的喷嘴个数，基于进入燃料电池系统中电堆的实际空气压力，计算出进入燃料电池系统中电堆的目标气体压力，以得到进入燃料电池系统中电堆的实际气体压力与目标气体压力之间的压力偏差，基于压力偏差，动态调控喷嘴个数以及喷嘴个数中最后工作的目标喷嘴的开度，以控制燃料电池系统压力保持稳定，由此，基于压力偏差动态调控喷嘴个数以及喷嘴个数中最后工作的目标喷嘴的开度，实现对燃料电池系统压力的精准调控，从而提高喷嘴的使用寿命，降低燃料电池系统后期维护的成本。