本发明涉及知识图谱技术领域，具体是一种海关进出口商品知识图谱的实体对齐方法，包括如下具体步骤：步骤一：数据处理、步骤二：待对齐商品知识图谱子图的选择、步骤三、商品知识图谱子图对齐方法。发明采用对齐子图的方法，通过Jaccard相似性度量品名和品牌的相似性，将相似性较高的作为待对齐子图，同时训练出一个较为稳定的模型，充分考虑其他要素对品牌和品名的关联性，具有较好的鲁棒性，能适应不同的对齐任务，并高效的找出故意申报较低税率的商品编号的报关单，利用CNN自动提取实体属性信息，并利用GNN进行结构化信息的传播，最终在海关的商品子图得到了不错的结果。