本申请公开了一种骨科手术导航控制系统及方法。该系统可以包括：并联机器人；被动臂；光学跟踪系统；显示屏；控制装置用于执行以下步骤：确定目标位置，设置工作范围；根据植入物和操作对象的实时位置，手动操作被动臂，判断植入物是否移动至工作范围内，若是，则发送第一提示信号，被动臂锁定；根据植入物的当前位置与目标位置，控制并联机器人运动，带动植入物到达目标位置，发送第二提示信号；手术中，实时更新目标位置，计算植入物与目标位置的偏差，当偏差大于预定阈值时，发出第三提示信号并驱动并联机器人运动，带动植入物到达目标位置。本发明通过手动调节被动臂，控制更灵活；通过进行提示，使植入物的位置更准确。