本发明涉及一种星间时间同步方法、系统、电子设备及计算机存储介质，涉及时间同步技术领域，方法包括：获取星载接收机的原始伪距数据；根据所述原始伪距数据利用卫星共视法确定设定星间钟差；根据信号发送时刻和信号接收时刻利用双向单程方法确定双星几何距离；根据所述双星几何距离利用双向载波相位时间对比原理，确定双星星间钟差；根据所述设定星间钟差和所述双星星间钟差利用最小二乘法确定系统差；根据所述双星星间钟差和所述系统差进行滤波确定双星载波相位钟差数据；所述双星载波相位钟差数据用于进行星间时间同步。本发明能够兼顾算法难度和时间同步精度。