一种利用热探针对二维过渡金属硫属化物/丝素蛋白柔性衬底进行微纳结构加工的方法，涉及一种对丝素蛋白柔性衬底进行微纳结构加工的方法。本发明是要解决现有的微纳加工技术加工精度低、制造工艺复杂和可加工材料受限的技术问题。本发明选用可加热的原子力探针作为加工工具，制备二维过渡金属硫属化物/丝素蛋白异质结构，按照设定的加工轨迹和加工尺寸在二维过渡金属硫属化物/丝素蛋白柔性衬底进行可控尺寸加工，制备微纳结构。利用热探针刻划加工的微纳米制造方法是一种具有加工方法简单、易于操作、加工环境需求低、可加工材料广泛、可实现纳米级加工精度等优势的微纳米制造方法。