本发明提供了一种马兜铃酸‑脱氧核苷结合物的制备方法。该制备方法包括以下步骤：步骤S1，在卤化试剂作用下，以马兜铃内酰胺为底物，在第一溶剂中进行卤代反应，得到马兜铃内酰胺的卤取代物；步骤S2，以马兜铃内酰胺的卤取代物和脱氧核苷为底物，在催化剂和碱的作用下，在第二溶剂中进行Buchwald‑Hartwig交叉偶联反应，将得到的反应液分离提纯，得到如式III所示结构的马兜铃酸‑脱氧核苷结合物。应用本发明的技术方案，采用市售产品作为反应原料，简化了反应路线，制备过程易于控制，操作方便，能获得高纯度的马兜铃酸‑脱氧核苷结合物，便于放大合成。