本发明公开了一种手性水溶性CaCO3纳米颗粒及其制备方法，包括如下步骤：配制含钙离子的化合物与手性配体的摩尔比为2∶1的水溶液，在反应容器中分别投入上述配制的水溶液和溶剂，搅拌至完全混合，加入0.1‑0.4M含碳酸根的化合物，然后加入碱液，使得pH调节为8‑10，在室温条件下，搅拌时间为2‑6小时，反应结束后，进行离心、洗涤、烘干，最后制得所述的手性水溶性CaCO3纳米颗粒。本发明所述的手性水溶性CaCO3纳米颗粒安全性高，在水中的分散性好，在近红外区具有CD活性，可用于偏振光的识别以及检测，同时也可利用将其用于调控细胞内钙离子的浓度，从而诱导和调节细胞免疫反应。