本发明涉及一种复合微生物菌剂与利用复合微生物菌剂防治根腐病的方法。属于生防菌剂技术领域。本发明的复合微生物菌剂，包括枯草芽孢杆菌菌剂、解淀粉芽孢杆菌菌剂、哈茨木霉菌菌剂和荧光假单胞杆菌菌剂；所述复合微生物菌剂中枯草芽孢杆菌菌剂：解淀粉芽孢杆菌菌剂：哈茨木霉菌菌剂：荧光假单胞杆菌菌剂的活菌数为40～60:10～30:4～5:10～30。本发明的复合微生物菌剂安全、无污染，并且不产生抗药性，对作物的品质无任何不良影响，并且还能提高作物的产量。对北苍术根腐病的防效率能达到83.3％，为药用植物根腐病的防效提供依据。