本发明公开了一种线损分层分析方法及系统，包括：基于台区物理拓扑获取每一层级的电能表电参量数据，并基于所述电能表电参量数据确定每一层级的理论线损率和统计线损率；基于每一层级的理论线损率和统计线损率确定存在线损异常的层级；确定存在线损异常的层级对应的包含电能表误差变量的方程组并求解，确定每个电能表的测量误差，并基于每个电能表的测量误差确定误差异常电能表；获取误差异常电能表的上报事件记录，并基于所述上报事件记录确定异常窃电结果。本发明能够缩短确定存在误差异常的电能表的效率，节省二次人工排查耗费的大量人工工作量和工作时间，降低了线损治理成本，提高线损治理成效。