本发明公开了一种穴盘育苗控温系统及穴盘育苗系统，涉及穴盘育苗技术领域，包括承载盘、排水底座、抽水装置、抽气装置以及至少一个导气管，排水底座用于支撑承载盘，承载盘用于承载穴盘，且承载盘的顶面上开设有水槽，穴盘置于水槽内，水槽上留有孔穴柱定位孔用于定位穴盘摆放位置与排水，水槽内的水位在穴盘置于水槽内后低于穴盘的顶端边沿，抽水装置用于抽取地下水并排放至水槽内，抽气装置能够使植株的茎叶生长空间内的气体从各导气管的第一端进至各导气管内并从各导气管的第二端离开各导气管回到植株的茎叶生长空间内，本发明公开的穴盘育苗控温系统及穴盘育苗系统能够低碳高效地调控植株的培育温度，并能够使地温资源得到更加有效地利用。