本发明公开了一种基于微褶皱与微孔复合界面的软性神经电极及其制备方法，由软性基底层、柔性衬底层、导电金属层、柔性封装层和改性镀层组成，柔性封装层开孔所暴露出来的微电极点，是由微褶皱结构和微孔结构所构成的复合界面。其制备方法包括：1、软性硅酮材料混合硅油旋涂并固化，随即浸泡有机溶剂完成硅油萃取，形成软性基底层；2、表面沉积一层聚合物薄膜作为柔性衬底层，自动形成微褶皱结构；3、利用激光切割工艺在柔性衬底层表面微孔结构；4、利用沉积、光刻、刻蚀工艺依次形成导电金属层和柔性封装层；5、利用电化学工作站完成微电极点改性镀层的沉积。本发明可以有效提升改性镀层材料在微电极点表面的长期稳定性。