本发明属于航空系统技术领域，涉及一种高可用性襟翼差动控制系统及方法。包括：襟缝翼控制手柄、两个襟缝翼控制器、液压马达控制器、电机控制器、襟翼动力驱动装置、两个襟翼差动控制器、两个襟翼差动作动器、8个襟翼作动器、两个襟翼位置传感器、两个翼尖制动器、8个襟翼倾斜传感器、两个内襟翼、两个外襟翼。在传统的集中式驱动襟翼系统架构基础上通过增加襟翼差动作动器、襟翼差动控制器和差动控制逻辑实现了襟翼差动主动控制功能。在襟翼差动控制过程中增加了襟翼差动指令有效性监控、襟翼差动运动监控和保护功能，提高了襟翼差动控制功能的安全性。