本发明公开了一种含氟聚芳醚及其电解质溶液、质子交换膜的制备方法及应用，属于功能高分子及聚合物离子交换膜技术领域。通过亲核取代缩聚反应，将十氟联苯、二氟二苯酮和带双胺基的双酚单体进行共聚反应，得到含氟聚芳醚共聚物。含氟聚芳醚的胺基进行磺化接枝反应，得到磺化含氟聚芳醚。将磺化含氟聚芳醚溶解，得到电解质溶液；经溶液浇注制膜，得到机械性能优异、化学稳定性好的含氟聚芳醚质子交换膜。依据本发明制备的含氟聚芳醚及其质子交换膜、电解质溶液，质子传导率高，机械性能优异，热稳定性和氧化稳定性好，在燃料电池、水电解、液流电池、二氧化碳转化及电渗析等领域有广泛应用。