本发明公开了一种全自动一体化高通量数字核酸检测系统，包括高通量扩增芯片；可升降扩增模块，其包括温控子模块及第一升降子模块；进样控制与微滴信号采集集成模块，其包括进样控制子模块、微滴信号采集子模块以及用第二升降子模块；气液模块；以及光学检测模块。本发明提供的核酸检测系统集微滴生成、微滴扩增、微滴检测于一体，能够实现全自动、高通量数字核酸检测，可有效提高检测效率，具备很好的市场应用前景；本发明通过设置可升降扩增模块，能够方便进行进行小位移升降以满足工作过程中高通量扩增芯片与压板的压紧需求，且极大的降低了仪器的高度，且各高通量扩增芯片可独立扩增，方便扩展通量。