本申请涉及侧扫声呐技术领域，公开了一种适用于水下侧扫装置的信号滤波系统，包括探测船、声呐探测模块、信号校对系统、信号转换系统、信号显示系统、GPS定位模块；所述声呐探测模块采用侧扫声呐，所述侧扫声呐配备两个换能器，其中一个为低频换能器，另一个为高频换能器，所述侧扫声呐通过拖缆与探测船连接；所述信号转换系统用于将侧扫声呐探测到的信息以可视化的形式展示在信号显示系统上；所述信号校对系统包括声呐本体校对和声呐位置校对；所述GPS定位模块用于定位侧扫声呐所在地理位置，使用时，通过探测船配合拖缆，能够带动声呐探测器在移动的同时进行信号传输，利用高频换能器和低频换能器，能够进一步呈现水底的地理面貌。