本申请涉及超滤净水结构设计优化方法及系统，方法包括：建立超滤净水结构的几何模型；基于几何模型构建物理模型，物理模型添加有物理模型边界条件；对几何模型进行网格划分，得到网格划分后的几何模型；基于网格划分后的几何模型对物理模型进行求解，得到物理模型的相关数据；对物理模型的相关数据进行数据整理、展示和分析，以对超滤净水结构性能进行评估。本申请可规范化且高效地为工程人员提供陶瓷膜片几何形状、排布方式和合理工况设置等方面的优化方向，并且误差可控、周期短以及成本低。