本发明提供一种铁路全生命周期多源数据整合关联方法、系统及存储介质，该方法包括：在勘察设计阶段，获取设计单位设计的铁路工程方案并生成铁路工程设计子模型，输出包括采购计划、施工计划、施工图模型结构以及运行计划在内的成果文件，并基于预定义的第一共享信息标准输出第一共享信息；在施工建设阶段，建立铁路工程施工信息模型，输出包括施工记录报表、安全质量检查报表及施工质量验收资料的成果文件，并基于预定义的第二共享信息标准输出第二共享信息；在运营维护阶段，重组以生成铁路工程运维子模型；基于搭建的多个模型，整合关联铁路全生命周期的来自多个单位的数据。本发明能够实现铁路工程全生命周期多源数据的整合关联。