本发明公开了一种数控加工中心工件坐标系计算方法及系统，卧式加工机床以Y轴为回转轴时，包括：将机械坐标系G53清零；人工设定工件坐标系及对应的工件姿态角度，设定一个工件坐标系为基准，人工测量基准工件坐标系GR相对机械坐标系G53的原点坐标值；以所述基准工件坐标系GR为基准，计算得到设定工件坐标系中除所述基准工件坐标系GR外的目标工件坐标系GS的加工坐标值。本发明解决人工测量原点容易有误，测量累计误差大，工件坐标值精度有待提高，人员劳动强度大和耗时久的问题。