本发明公开了一种运行虚拟电厂的温室气体减排量计算方法及系统。本发明的方法包括：识别虚拟电厂，确定虚拟电厂边界，确定虚拟电厂所包含的温室气体源；确定基准线情景，确定基准线所包含的温室气体源；根据虚拟电厂所包含的温室气体源，计算虚拟电厂温室气体排放量；根据基准线所包含的温室气体源，计算基准线温室气体排放量；根据虚拟电厂温室气体排放量和基准线温室气体排放量，计算虚拟电厂温室气体减排量。本发明可以具体量化虚拟电厂的温室气体减排量，解决了行业上亟需的温室气体减排量计算缺失的问题。