本发明公开了一种用于动力驱动耙的齿轮箱控制系统及方法，包括齿轮箱，内部设有径向离合机构、偏移检测组件、偏移复位机构和控制模块；偏移检测组件包括若干电磁传感器，各电磁传感器在电磁场中采集偏移信号；偏移复位机构包括旋转驱动组件和齿轮压紧组件；偏移分析单元对各偏移放大信号分析得到偏移点与蜗轮轮心的偏移距离和偏移角度；指令生成单元根据偏移距离和偏移角度生成离合切换指令、旋转定位指令和复位压紧指令；径向离合机构根据离合切换指令带动蜗杆与蜗轮分离，旋转驱动组件根据旋转定位指令带动齿轮压紧组件旋转至偏移点位置，齿轮压紧组件根据复位压紧指令压紧偏移点至与蜗轮轮心重合。本发明自动检测并修正齿轮箱内蜗轮的偏移。