本发明公开用户水表缺失数据补齐方法及系统，涉及水务统计领域。本发明包括，数据采集单元，用于获取用户的表端用水量关于时间的历史记录；格式标准化单元，用于对用户的表端用水量关于时间的历史记录进行格式标准化，得到用户的标准化表端用水量关于时间的历史记录；数据清洗单元，用于根据用户的标准化表端用水量关于时间的历史记录获取用户的分户用水特征；根据用户的分户用水特征对用户的标准化表端用水量关于时间的历史记录进行异常值标注和/或剔除，得到用户的清洗后表端用水量关于时间的历史记录。本发明对用户缺失的水表数据进行个性化补齐，提高了补全后数据与实际数据的贴合度。