本发明公开了一种包含多元储能装置的综合能源系统的运行控制方法，属于微电网能量管理领域。本发明利用长短期记忆网络进行风光出力和负荷多元能量的需求量进行预测，通过能量出力和能量需求的差额，将运行控制分为两种运行控制场景。本发明涉及到电、热、氢三种能量的耦合控制，制定了电、热、氢调度顺序和调度策略，在电、热、氢负荷缺失的情况下，可以直接从储能装置调度，减少能量间转换的能量损失，也提高了系统的调峰能力，还可以根据负荷量来优化多元储储能装置的能量分布，可以降低能量之间转换效率损失，并且避免实时控制时能量转换装置出现超过最大充放能量约束的情形导致能量的浪费或负荷需求量缺额的问题。