本发明公开了一种舟桥作业机构自动控制系统，包括：信号采集模块、数据处理模块、显控终端和执行机构；信号采集模块采集舟桥作业机构的位置信息数据Ⅰ，并传输至数据处理模块；数据处理模块接收位置信息数据Ⅰ并转换为可输入显控终端的位置信息数据Ⅱ；显控终端接收位置信息数据Ⅱ并根据该数据对数据处理模块发送操作指令；显控终端还显示舟桥作业机构的运行状态界面；数据处理模块还接收操作指令，并将操作指令转换为执行机构可识别的控制信号，将控制信号传输至执行机构；执行机构接收控制信号，控制舟桥作业机构的架设与撤收；本发明能够根据采集的数据信息自动控制执行机构，从而实现对舟桥的架设与撤收，控制精准且节省人力。