本发明公开一种水下结构物破冰剩余速度预测方法及系统，所述方法包括：在给定的发射速度范围、冰厚范围内采样生成第一精度样本点和第二精度样本点；建立水下结构物破冰过程有限元模型，分别计算第二精度样本点在不同的冰材料的本构模型下的响应值，得到第二精度数据；基于第二精度数据，分别采用克里金近似建模方法构建多个第二精度模型；搭建水下结构物的缩比模型，测算第一精度样本点在缩比模型下的响应值，得到第一精度数据；通过多个第二精度模型构建趋势模型，通过第一精度数据对趋势模型进行校准，构建预测模型；通过预测模型预测水下结构物破冰剩余速度。本发明建立了变可信度代理模型对水下结构物破冰剩余速度快速预测，可提高预测精度。