本发明公开了一种粪肠球菌AT5及其应用。本发明所提供的粪肠球菌具体为粪肠球菌(Enterococcusfaecalis)AT5，它在中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心的保藏编号为CGMCC No.24951。本发明的粪肠球菌(Enterococcusfaecalis)AT5CGMCC No.24951能够有效提高黄姑鱼对红头病病原——哈维氏弧菌B0003的抗病力，增强感染哈维氏弧菌B0003后黄姑鱼的免疫功能，减少炎性因子产生，有效改善哈维氏弧菌B0003攻毒后黄姑鱼肝脏损伤，降低哈维氏弧菌B0003攻毒后的发病率和死亡率。同时，本发明的粪肠球菌可制成菌剂用于预防或治疗黄姑鱼的红头病，是一种绿色、安全的水产饲料添加剂。