本发明公开了一种鉴定汶上芦花鸡品种的分子标记及其应用，属于分子生物学检测领域。所述分子标记包括如下表所示的SNP1‑SNP14中的至少一个突变位点。本发明基于包括汶上芦花鸡在内的25个代表性中国地方鸡种和2个引进品种的大规模群体鉴定特异性SNPs位点，结合现有特异性SNP位点的检测方法和AHP层次分析法综合考虑特异性位点的等位基因频率和基因型类型，在确保鉴定准确性的同时提高了检测效率和评价的科学性。本发明通过使用分子标记技术对汶上芦花鸡进行科学的品种特异性鉴定和评价，操作简单且结果可靠，可以为地方鸡遗传资源保护和合理利用提供科学依据。