本发明公开了一种水生态修复设备及其使用方法，包括下箱体，下箱体上安装有用于承装药剂的上箱体，下箱体上安装有第一水泵和第二水泵，第一水泵用于向下箱体内输送水，第二水泵用于将下箱体内的液体泵出；下箱体内安装有与第一水泵的出水管连通的固定管，固定管的底面上开设有通槽，固定管内安装有软管，软管的另一端延伸到上箱体内，固定管内设置有自动加药机构，自动加药机构可根据第一水泵是否运行，对软管进行挤压或不挤压。当向下箱体内注水时，自动加药机构也会工作，使上箱体内的浓缩的水处理药剂可以流到下箱体内；当注水完成后，自动加药机构会停止工作，使上箱体内的浓缩的水处理药剂无法继续流到下箱体内。