本发明公开了耐高温金针菇新菌株HMGIM‑E141398及其人工栽培方法和分子标记方法，属于农业微生物和分子生物学技术领域。本发明提供了一株金针菇(Flammulinavelutipes)菌株HMGIM‑E141398，其保藏编号为CCTCC NO：M 2015370，其具有耐高温、高产量、稳定性及抗逆性较强等的优点。本发明还提供了HMGIM‑E141398特异性InDel分子标记、引物和鉴定方法，对耐高温金针菇新菌株HMGIM‑E141398的未来产业化应用和菌株资源保护具有重大意义。