本发明公开了一种仿生蝠鲼机器人运动控制方法，包括：(1)在仿生蝠鲼机器人的柔性胸鳍上选取若干特征点，建立描述特征点运动的数学模型；(2)对CPG控制器进行改进，引入幅值调节参数a和频率调节参数ω改进CPG控制器；(3)设计基于摄动法的CPG控制器参数整定方法；(4)将改进的CPG控制器与仿生蝠鲼机器人进行耦合；(5)以改进的CPG控制器作为控制胸鳍扑动的底层运动控制器，以模糊控制器为高层决策控制器，搭建基于CPG模型的分层控制架构，使用模糊算法控制CPG控制器的输入参数a和ω，以实现对蝠鲼机器人运动速度的闭环控制。利用本发明，在控制器受到干扰后仍能快速收敛，继续产生给定模式的周期信号。