本发明公开了一种基于CAN通信的ECU升级方法及系统，具体包括：建立与CAN控制器的通信连接，获取第一车辆信息；将获取的第一车辆信息与第二车辆信息相比较，从而确定需要修改配置信息的ECU；将DID信息写入CAN控制器；所述DID信息至少包括对应的ECU的配置信息和对应的ECU诊断ID；控制CAN控制器将DID信息周期性发送到车辆总线上，以使对应的ECU处于唤醒状态时，接收所述DID信息；当对应的ECU处于唤醒状态时，ECU根据接收到的DID信息而更新其配置信息，从而完成软件升级，本发明无需针对单个ECU去独立更新其配置信息，极大提高了配置升级的效率。