本发明属于农业微生物领域，公开了一种复合菌剂及在烟草土传病害防控中的应用，所述的复合菌剂由贝莱斯芽孢杆菌YC11和哈茨木霉WF2组成，所述的贝莱斯芽孢杆菌的保藏编号为CCTCC NO:M 20211651，所述的哈茨木霉的保藏编号为CCTCC NO:M 20211307。与单一菌株相比，该复合菌株防控烟草土传病害具有增效作用，与现有杀菌剂和杀虫剂无交互抗药性。与目前使用化学合成农药防治相比，由于其来自于自然环境，具有高效、低毒、不污染环境和不易产生抗药性等优点，具有广阔的应用前景。