本发明涉及PEM电解堆测试技术领域，公开了一种安全性较高的基于PEM电解堆测试平台的程序控制保护系统，包括如下步骤：S101、检测储水水箱的液位值，保护系统根据液位值进行补水或停止补水；S102、检测储水水箱的电解进水或出水的电导率，保护系统根据电导率进行换水或补水；S103、检测PEM电解堆析出氢气的露点值，若露点值大于预设值，则保护系统根据露点值与预设值的比较结果控制纯化组件切换工作；S104、纯化组件中的第一罐体压力未达到再生压力值，当第二罐体的压力高于压力预设值时，保护系统输出警示；S105、第二罐体压力未达到再生压力值，当第一罐体的压力高于压力预设值时，保护系统输出警示。