本发明公开了一种减小阻水效应的跨河桥梁改造工艺，跨河桥梁带有既有桩基，包括以下步骤：步骤S1、开挖原有跨河桥梁下方的淤泥，至新浇承台的底标高处，并在既有桩基的外围浇筑新浇承台，所述新浇承台和原有跨河桥梁的既有桩基连接为一体；步骤S2、在新浇承台上架设临时墩；步骤S3、拆除旧承台和旧墩柱；步骤S4、在所述新浇承台上设置新墩柱；所述新墩柱的数量小于所述旧墩柱的数量。本发明在原有桩基处浇筑新浇承台作为桥梁下部结构改造的作业平台，无需搭建额外的桥墩托换施工的作业平台，使得原有桩基和新浇承台得到充分利用。另外，本发明采用既有桩基贯穿新浇承台的结构形式，并利用两者间的两种新型连接方式，以保证既有桩与新浇承台之间的可靠连接。