本发明公开了一种适用于软基的嵌岩不等高桥梁复合群桩基础及其施工方法，涉及桥梁施工技术领域。本发明包括承台，承台的底端均布固定有桩基，位于同一端多个桩基顶部之间固定有第一剪力墙，位于同一侧多个第一剪力墙之间固定有第二剪力墙，相邻两端第二剪力墙之间形成注浆加固槽。本发明通过桩基、剪力墙和承台的配合，嵌岩不等高桥梁复合群桩基础充分发挥了基础持力层的力学性能，根据持力层的土体强度合理设置桩基的嵌岩深度，同时通过多个桩基和剪力墙的配合，可以提供较好的竖向和水平承载能力，且根据持力层岩层的特性，合理设置桩基和剪力墙的嵌岩深度。