本发明涉及类器官包埋方法，包括以下步骤：于微孔培养介质上培养类器官，于所述微孔培养介质的两侧，通过固定液固定所培养的类器官，待固定完成后，于微孔培养介质上取下所述的类器官，在本申请的一些实施例中，对取下的类器官依次进行预包埋、脱水、透明处理、包埋、切片和染色。本申请的包埋方法能够减少在包埋中发生的类器官的损伤甚至灭失，从而保证了病理切片的外观结构、细胞内容和细胞排列层次都能得到完整的保留，以有利于研究人员的组织病理学研究。