本发明公开了一种卫星系统环境截止高度角确定方法、系统及存储介质，应用于卫星导航定位技术领域，能够有效确定环境截止高度角，从而有效提高卫星系统的定位精度。该方法包括：获取观测值文件和广播星历文件；根据观测值文件和广播星历文件通过事后双差相对定位算法进行数据解算得到解算数据；解算数据包括各卫星的双差残差序列、高度角和方位角；对双差残差序列进行预设分段，得到分段残差序列；计算各段分段残差序列的均值和标准差；根据均值和标准差通过预设标准差法筛选得到目标分段序列；构建卫星天空图格网；将目标分段序列按卫星高度角和方位角展绘至卫星天空图格网中得到卫星天空标示图；根据卫星天空标示图预测得到环境截止高度角。