本发明提供一种超导集成电路器件的制备方法，在形成第三绝缘材料层时，先在第三超导材料层表面沉积一定厚度的绝缘材料形成第三绝缘材料层，由于第三绝缘材料层的厚度较大，因此其易在凸角处形成鼓包；接着，采用离子束刻蚀的方法去除具有第一厚度的第三绝缘材料层，从而消除鼓包；最后，在上述结构表面重新沉积具有第一厚度的绝缘材料，最终获得具有平整表面的第三绝缘材料层。本发明提供的超导集成电路器件的制备方法解决了在形成厚度较大的绝缘材料层时易产生的鼓包的问题，从而有效改善了超导集成器件电感层的刻蚀残留问题，避免了层内金属连接时容易产生的短路问题；且本发明提供的超导集成电路器件的制备方法操作简单，大大提高了生产效率。