本发明公开了一种防治棉花黄萎病的复合微生物菌剂及其制备方法，复合微生物菌剂包括以下重量份数的原料：微生物菌粉20～60份、生长辅料40～70份、干燥剂2～8份，所述微生物菌粉包括镰刀菌、哈茨木霉、乳酸菌、蜡状芽孢杆菌、贝莱斯芽孢杆菌，所述镰刀菌保藏编号为CGMCC NO.11314。本发明的复合微生物菌剂中的镰刀菌、哈茨木霉对棉花黄萎病菌具有拮抗作用，乳酸菌、蜡状芽孢杆菌、贝莱斯芽孢杆菌为土壤有益菌，其代谢产物中含有生长素、抗菌素、细胞分裂素等作物生长所必需的调节物质，此外还具有抑制黄萎病菌繁殖，功能菌的定殖和生长。