本发明公开了一种基于集成学习的消化道内镜检查辅助系统；该系统包括数据获取模块、识别模块、预警模块和图像采集控制模块。数据获取模块连接至内镜检查设备，实时接收内镜检查设备采集的消化道图像，并将消化道图像输送至识别模块。识别模块通过异常分析模型实时判断消化道图像中是否存在疑似目标。预警模块用于在识别模块检测到疑似目标时发出预警信号，使得内镜检查设备增加发现疑似目标的区域的图像采集数量。本发明在内镜检查设备采集消化道图像的同时，对所得消化道图像进行实时分析，从而增加消化道中存在异常风险较高的区域的图像采集数量，提高了内镜检查设备采集图像的针对性，有助于提高医生对消化道图像的分析效率。