本发明公开了一种间歇曝气连续流好氧颗粒污泥反应器及运行方法，涉及环境工程技术领域。包括反应器本体，反应器本体的两端分别连通有进水管和出水管，反应器本体内部从进水端的一端至出水端的一端依次划分为污泥饱食区、过渡区、污泥饥饿区和污泥沉降区；污泥饱食区的底部设有第一曝气装置，过渡区和污泥饥饿区的底部设有第二曝气装置，第一曝气装置和第二曝气装置上分别设置有第一定时开关和第二定时开关；污泥沉降区底部设有污泥斗，污泥斗通过回流管与污泥饱食区连通。本发明可以实现污泥的饱食‑饥饿交替，促进颗粒污泥形成，同时实现反硝化，提高总氮的去除，具有结构简单，具有多参数可调的特点，可实现多种废水的处理，应用范围广泛。